Натура 2000 е най-сериозната инициатива на Европейския съюз за съхраняване на природата и устойчивото развитие в райони със запазена природа. Всяка страна членка е задължена да изгради своята мрежата. Тя се състои от специални защитени природни зони, които опазват ландшафти, растения и животни от европейска значимост.
WWF подпомогна правителството в процеса по изграждане на мрежата Натура 2000 в България. Българското законодателство за биологично разнообразие беше хармонизирано с европейското. WWF направи проучвания и подготви документация за 35 Натура 2000 места, заемащи над 58 хил. ха в част от своя приоритетен програмен район - течението на река Дунав и западните дунавски притоци. Заедно с организациите, предложили Натура 2000 места, WWF прецизира списъка от зони и работи за приемането на пълния обхват на мрежата.
За да се подобри научната информация за Натура 2000, WWF подготви редица проучвания за природните местообитания. Заедно с неправителствената организация "Зелени Балкани" беше издадено първото в България ръководство на местообитанията от европейска значимост.
WWF подпомага изграждането на европейската екологична мрежа Натура 2000